Esta é a diferença entre empregado e prestador de serviço
É importante destacar que o conceito de “empregado” engloba todo trabalhador que presta serviço com habitualidade à outra pessoa, com o recebimento de um salário, sem poder se fazer substituir por outro trabalhador e mediante subordinação. Por dentro do assunto: Seus funcionários podem receber salário variável? Descubra com a TOTVS Patrocinado
Já o trabalhador autônomo presta o serviço sem subordinação, o que significa que o seu trabalho não é dirigido por outra pessoa.
Nesse sentido, por exemplo, o autônomo escolhe o serviço que irá prestar, podendo recusar uma tarefa, enquanto que o empregado deve necessariamente executar as tarefas determinadas pelo seu empregador.
Dessa forma, em tese, não há impedimento a que um empregado seja dispensado pelo seu empregador e, depois, seja feito um contrato de autônomo. Mas isso, mesmo atualmente, só é possível se, de fato, esse trabalhador passar a prestar serviço como autônomo.

O que muda com a reforma trabalhista
A reforma trabalhista, recentemente aprovada, não mudou esse cenário. Ela apenas acrescentou à CLT um dispositivo que determina que o trabalhador autônomo, com ou sem exclusividade, de forma contínua ou não, não é considerado empregado.
Ou seja, enquanto anteriormente o trabalho prestado de forma exclusiva e contínua era um indício de que havia uma relação de emprego, com a reforma, o trabalho prestado desse modo não descaracteriza a prestação de serviço autônoma.
Por outro lado, ainda que exista um contrato de autônomo entre a empresa e o trabalhador, independentemente da prestação do serviço ser exclusiva ou não, havendo subordinação entre eles, haverá relação de emprego.
Por exemplo, podemos pensar em um entregador de pizzas. Se ele é contratado como empregado, ele deverá comparecer ao seu trabalho todos os dias que seu contrato estipular e não poderá recusar entregas nesse período.
Já se ele for contratado como autônomo, ainda que com exclusividade e de forma contínua, ele terá liberdade para comparecer ao trabalho nos dias em que desejar e poderá se quiser recusar entregas.
Caso a empresa exija dele que compareça em determinados dias, ou ordene as entregas que ele fará, estará descaracterizada a relação de autônomo e haverá vínculo de emprego.

Fonte: Revista Exame.com, 27 de julho de 2017.

http://exame.abril.com.br/carreira/posso-ser-demitido-e-recontratado-como-autonomo-veja-o-que-muda/