No caso de a empresa não estar obrigada a manter registro de ponto, o funcionário terá que provar judicialmente o trabalho extra. Um jeito de fazer isso é por meio de testemunhas que tenham conhecimento das horas extras realizadas. Outro é apresentar documentos que possam comprovar isso, como e-mails enviados após o horário normal de trabalho.

Situação mais difícil ocorre quando a empresa tem registro de ponto, mas este não condiz com a realidade como, por exemplo, quando o trabalhador marca sua saída, mas continua trabalhando. A existência do registro faz presumir que o horário ali anotado é verdadeiro.
Ainda assim, neste caso, o trabalhador poderá também se utilizar de testemunhas ou documentos para provar judicialmente o trabalho extraordinário e não recebido.

Fonte: Revista Exame.com, 12 de agosto de 2016.

http://exame.abril.com.br/carreira/noticias/o-que-fazer-quando-a-empresa-nao-paga-horas-extras